وزارت نیرو یک سازمان چند وجهی است. به عبارت دیگر وظایف مدیریت چند صنعت بزرگ کشور در این وزارتخانه انجام می شود. صنعت آب، صنعت برق، صنعت فاضلاب و صنعت انرژی های تجدیدپذیر. به همین دلیل ساختار آن به تناسب وظایف بسیار حیاتی و مهمی که دارد، دارای پیچیدگی های خاص خود است. به عنوان مثال تمام بخش های زیرمجموعه وزارت نیرو که وظیفه شان ارایه خدمات آب و برق و فاضلاب است و در استان ها به عنوان نماینده وزارت نیرو انجام وظیفه می کنند، به صورت شرکتی اداره می شوند نه اداره کل یا سازمان. و همین موضوع یکی از موارد خاص این وزارتخانه است که ساختار سازمانی آن را از سایر وزارتخانه ها جدا می کند. توجه به عدم تمرکز و تفویض اختیار به شرکت ها برای انجام عملیات لازم یکی از ویژگی های شاخص وزارت نیرو است.
در یک زاویه کلی چارت وزارت نیرو به شرح زیر است.
.jpg "n1-(1).jpg")
ساختار وزارت نیرو بر اساس تفکیک وظایف حاکمیتی و تصدی گری (ستاد و صف) طراحی شده است و حوزه های وزارت نیرو هر کدام وظایف و محدوده مشخصی را دارند.