وزارت نیرو یک سازمان چند وجهی است. به عبارت دیگر وظایف مدیریت چند صنعت بزرگ کشور در این وزارتخانه انجام می شود. صنعت آب، صنعت برق، صنعت فاضلاب و صنعت انرژی های تجدیدپذیر. به همین دلیل ساختار آن به تناسب وظایف بسیار حیاتی و مهمی که دارد، دارای پیچیدگی های خاص خود است. به عنوان مثال تمام بخش های زیرمجموعه وزارت نیرو که وظیفه شان ارایه خدمات آب و برق و فاضلاب است و در استان ها به عنوان نماینده وزارت نیرو انجام وظیفه می کنند، به صورت شرکتی اداره می شوند نه اداره کل یا سازمان. و همین موضوع یکی از موارد خاص این وزارتخانه است که ساختار سازمانی آن را از سایر وزارتخانه ها جدا می کند. توجه به عدم تمرکز و تفویض اختیار به شرکت ها برای انجام عملیات لازم یکی از ویژگی های شاخص وزارت نیرو است.
در یک زاویه کلی چارت وزارت نیرو به شرح زیر است.
.jpg)
ساختار وزارت نیرو بر اساس تفکیک وظایف حاکمیتی و تصدی گری (ستاد و صف) طراحی شده است و حوزه های وزارت نیرو هر کدام وظایف و محدوده مشخصی را دارند.